A XI. század elején már 500 éve volt annak, hogy a szaracének elfoglalták és uralták Jeruzsálemet. 1020-ban Dehara Ladimellah kalifa engedélyt adott az Amalfiból származó tengerészek egy csoportjának, hogy kialakítsanak egy olyan kerületet Jeruzsálemben, amelyben kereskedelmi negyedek, szálláshelyek az utazók részére, és templomok is felépültek. A betegek és zarándokok számára pedig menedéket nyújtó helyeket hoznak létre, mert ők gyakran kerültek veszélybe és lettek erőszak áldozatai.

Ez a létesítmény volt a „Domus Hospitalis”, amelynek működtetése céljából megalapították az Ispotályos Barátok Szerzetesi Testvériségét, amely a Lovagrend kezdetének és minden bizonnyal a legfontosabb előzményének, ősének tekinthető. A Testvériséget Keresztelő Szent János oltalmába ajánlották. A Domus Hospitalis a férfiakat, a Szent Magdolna ispotály (kórház) pedig a nőket fogadta be és látta vendégül. 1090-ben ezt a Sacra Domust a bencésrendiek irányították, rendfőnökük Fra Gerardo de Sasso barát volt, aki egyes források szerint a franciaországi Provence-ban született, más források szerint pedig az itáliai Amalfi-ban és csodás módon menekült meg a haláltól. Általánosan elfogadott tény, hogy ő volt a Rend első történelmi alakja és első Nagymestere, aki nagy megbecsülésnek örvendett, és az oltár előtt tisztelt, u.n. „Áldott lovagok” közé tartozott. 

A Domus Hospitalis röviddel megalapítását követően nem csak az amalfi kereskedők központjává vált,hanem a kereszténység legszentebb helyére, Jeruzsálembe zarándokló névtelen és nincstelen tömegeké is. 1099-ben az első keresztes hadjárat (1095-1099) végén Godfrey de Bouillon visszafoglalta Jeruzsálemet és létrehozta a Jeruzsálemi királyságot, amelynek első királya, öccse a Boulogne-i házból származó Baldvin (vagy Baldouin) lett.

(Magyar vonatkozás: II. András magyar király az 1217-18. évi szentföldi hadjárata után felvette a „Jeruzsálem királya” címet, II. Baldvin király ükunokája jogán. S ezt a címet minden magyar király örökölte és viselte 1918-ig.)

A Sacra Domus ekkor élte történelmének legdicsőségesebb időszakát és megkezdte segítő-támogató célú tevékenységének szervezését, nem csak a kereskedők és zarándokok javára, hanem a szerzetesek egyre növekvő Testvérisége számára is, amely az összes szent helyen elterjedt. A Testvériségnek kialakult sajátos jellege, stílusa, megnőtt tekintélye és ezáltal jelentős intézménnyé vált és hamarosan elkezdte működését a keresztesek javára és érdekében is.

1100-ban a Testvériség adományokat kapott magától Godfrey de Bouillontól, Szicíliai Rogertől és számos más keresztény hercegtől. Az adományok jogcímet jelenthettek a szervezet szuverenitására, ami később a Rend fő jellemvonása lett. S így vált a Rend határok nélküli nemzetté és dinasztia nélküli királysággá.

Az 1113. február 15-i pápai bulla és további rendeletek értelmében II. Paszkál pápa jóváhagyta, hogy a Jeruzsálemi Szent János Ispotályos Lovagrend legyen mentes minden világi és egyházi fennhatóságtól. A kis Testvériség túlnyúlt Palesztina határain és kiterjedt az összes keresztény domíniumra, ahol a pápa engedélye alapján adományokat fogadhattak el és házakat alapíthattak.

A Rend jeruzsálemi jelenléte különösen fontos volt akkor, amikor 1120-ban, Fra Gerardo barát halála után egy Provence-i nemest, Raymond du Puyt kérték fel az Ispotályos barátok vezetésére. Ő volt a rend első nagymestere, aki radikálisan megváltoztatta az intézmény terveit, stratégiáját és céljait. A Jeruzsálemi Latin Királyság védelme és a lovagias szellem virágzása voltak azok a meghatározó okok, amelyek következtében a barátokból „ equites et servientes armigeri” azaz fegyvert viselő, szolgálatot ellátó lovagok lettek.

III. Ince pápa óhajának megfelelően a szerzetes barátok alapvető feladatait katonai funkciókkal egészítették ki. Ez az eredete annak az összeolvadásnak, amely a keresztény domíniumokat védő katonai erő, és az emberek életét óvó ispotályosok irgalma között történt. A vallási és lovagi struktúrát legitimálta az az elv, miszerint a Jeruzsálemi Latin Királyság - Isten által elvárt - védelme olyan kötelesség, amely elől egyetlen keresztény sem térhet ki. A Lovagok jelképként a nyolcágú fehér keresztet választották, amely nevében védték a gyengéket, betegeket, zarándokokat és harcoltak a becsületért és az igazságért (Lásd: A Máltai kereszt története c. írást.) A lovagokat három vallásos fogadalom kötötte: az engedelmesség, a szegénység és a szüzesség. A káplánok vigyáztak az adományokra, a barátok gyógyították, vigasztalták és eltemették a boldogtalanokat. Aragónia királya, a Rend lovagja a halálos ágyán a Lovagokra hagyta örökül minden vagyonát, a Templomos Lovagok és a Szent Sír Lovagjainak haszonélvezeti jogával, akik a szent helyek bátor oltalmazói voltak.

Eközben a Lovagok részt vettek a második keresztes hadjáratban (1147-1149) és aktív részesei voltak a Damaszkusz elleni hadjáratnak is (1148). A Rend feltöltötte tartalékait, létesítményeket nyitott több államban, birtokokat kapott szerte Európában és a keresztény hit bástyájává vált.

1187-ben Szaladin számos fényes győzelmet aratott és nagy területeket meghódítva átkelt a Jordán folyón. A lovagok hősiesen védekeztek, ennek ellenére a Nagymester, a Szent János Rend, a Templomosok és a Szent Sír számos lovagja halt meg abban a hiábavaló küzdelemben és kisérletben, amely arra irányult, hogy megakadályozza Jeruzsálem muzulmánok általi visszahódítását. A Rend székhelye a szíriai Magratba került át.

A harmadik keresztes hadjárat (1189-1192) során, melyet Oroszlánszívű Richárd vezetett, a Rend Lovagjainak katonai segítségével felszabadult az északon fekvő Saint John of Acre, Akko városa és ott lett a Rend új székhelye. (Ma is látható a tengerparton a hatalmas méretű lovagi erődítmény, amelynek több kilométer hosszú földalatti alagútrendszere a tengerpartra vezetett és a menekülést biztosította a lovagoknak. A középkori lovagerőd a világörökség része.)

1265-ben a szultán megtámadta és visszafoglalta Tirus, Cesarea, és Magrat városát csak Krak állt ellen. Ezt az erődöt úgy építették, hogy képes legyen ellenállni hosszan tartó ostromoknak is, de végül ez is elesett.

A hősies ellenállás ellenére 1291-ben, Jean De Villiers Nagymester végül feladni kényszerült Akko (Saint John of Acre) utolsó erődjét. Jeruzsálem eleste és az egész  Szentföld török kézre jutása rendkívül végzetes lett volna a Rend számára, ha nincs a Domus Hospitalis, amely mint a „Nyugat kis szigete”, megmaradt a határtalan kiterjedésű muzulmán világban.