A Rend más történelmi ágainak kialakulása:

Málta elvesztése után sok menekülni kényszerült Lovagot fogadott be I. Pál orosz cár, a Rend Védelmezője. A pápa által kifejtett fenntartások ellenére - egy görögkeleti (pravoszláv) vallású személy nagymesteri jelölésével kapcsolatban - a menedéket talált Lovagok, az Orosz Perjelség Lovagjaival együtt védelmezőjüket, I. Péter cárt a Rend Nagymesterévé választották.

1803. február 9-én VII. Pius pápa a cortonai Bali Giovanni Battista Tommasit nevezte ki Nagymesterré. A Rend felhagyott azokkal a katonai funkciókkal, amelyek több mint hét évszázadon keresztül hozzájárultak a széleskörű elismeréshez, és visszatértek a társadalom szerencsétlen tagjainak támogatására és segítésére irányuló eredeti ispotályos feladatokhoz.

Ezen új történelmi fejlemény során a Rend új babérokat szerzett, talán ugyan nem olyan dicsőségeseket, mint amilyenekre a szárazföldi és vízi csaták során elért győzelmekkel tett szert.

Giovanni Battista Tommasi kinevezését nem fogadta el az összes európai Lovag. Ennek a történelmi és politikai hányattatásnak az eredményeként a Rend ősi törzse számos ágat hajtott, ezek közül a legkiemelkedőbb a Vatikán által támogatott ág, közismert nevén a SMOM.

A protestáns reform idézte elő az északi államok Lovagjainak különválását. Németországban az 1318-ban létesített Brandenburgi Rendtartomány (Bailiwick) szakadt ki a Rendből a reformáció alatt és a brandenburgi választófejedelmek védnökségét követően 1810-ben a rendtartomány egész vagyonát a porosz király elkobozta. A rendtartományt 1812-ben III. Frigyes Vilmos porosz király védelme alatt állították vissza, mint Szent János Rendet. 1853. október 15-én IV. Frigyes Vilmos porosz király hatályon kívül helyezte az 1812. évi ediktumot és visszaállította az ősi brandenburgi rendtartományt, jelenlegi nevén a "Johannita rendet”, a Johanniter Order-t.

Angliában, ahol Anglia, Írország és Dánia perjelségei már 1445 óta léteztek, a Rend valamennyi birtokát az egyházszakadás után 1545-ben elkobozták. 1831-ben került megalapításra az Anglikán Lovagokból álló, Szent János Rend Angliai Nagyperjelsége, amely 1858-ban a Szent János Angliai Ispotályos Rend nevet vette fel. A Rend valamennyi keresztény vallás számára nyitott, Protektora és Nagymestere pedig a mindenkori angol király.

A Szövetség tiszteletben tartja a Rend valamennyi történelmi ágát és azok autonómiáját. Mindig kész a kereszténység és a testvéri barátság jeleként kezet nyújtani, és azt kívánja, hogy valamennyi, a világon jelenleg aktív Máltai Lovag magát a közös küldetés által egyesítettnek tekintse.

A Rend - háborúk, ostromok, nehéz történelmi helyzetek, reformok és átalakulások ellenére - továbbra is rendületlenül halad a történelem útján, majdhogynem változás nélkül, belső ideológiai kohéziót, politikai felsőbbrendűséget és jelentős presztízst magáénak mondva. Olyan zászló, amely soha nem hanyatlik le.

Az ember eltűnik, gyengesége és buzgósága szertefoszlik. Eltűnik a tehetős és a szűkölködő, a hős és a gyáva, a nyertes és a vesztes. A Máltai Lovagok irgalmasságának ragyogó példái és humánus elvei örökre fennmaradnak. És a Rend talán soha nem volt olyan erős, olyan sikeres, olyan jól ismert és respektált az egész világon, mint napjainkban.

Az idők változnak, de a Rend lovagjait évszázadok óta vezérlő fáklya, a dicsőséges nyolccsúcsú fehér kereszt változatlan marad.